公司重点发展品牌OTC、中药处方药、中药配方颗粒(免煎中药)、抗生素四大制药业务，以品牌OTC为核心业务，以中药处方药、中药配方颗粒为快速增长的明星业务。将用五年时间成为世界最大最先进的植物药厂，用10年时间成为亚洲最大的制药企业，力争用15年左右的时间跻身世界500强的行列。公司共有68个品种进入《国家基本药物目录》，其中三九胃泰、正天丸为独家品种。三九胃泰、正天丸、参附、参麦、壮骨关节丸、华蟾素同时进入人保部医保目录。
OTC业务是公司的核心业务，占公司医药工业收入的60%以上。“999”品牌价值居我国制药行业榜首。公司所生产的999品牌系列产品，在国内药品市场上具有相当高的占有率和知名度，核心产品有三九胃泰、999感冒灵、999皮炎平、正天丸等。
公司2011年1-6月每股收益0.41元，每股净资产4.41元，净资产收益率9.30%，营业收入24.53亿元，同比增长23.98%；净利润3.97亿元，同比增长1.90%。 OTC业务2011年中期实现销售收入14.89亿元，同比增长28.62%。三九胃泰、正天丸继续保持了快速增长，增速均超过40%，感冒品类亦实现了良好增长，皮肤药品类由于季节性因素影响收入增速略低，新产品中强力枇杷露、小儿感冒药继续维持了高速增长势头，分别比去年同期增长123%、67%。
目前国内的OTC市场仍处于成长期，我国OTC药占药品市场的比例仅为10%～15%，与国外OTC药占药品市场30%～40%的比例还有很大的发展空间，因此，预计今后五年内国内OTC市场仍有望保持两位数增长。
一直以来，集团资产内部整合被认为是华润三九(000999)最大的看点。随着华润医药集团和北药集团资产进行重组，新的集团公司将形成以华润三九为核心的中药和OTC药物平台，北药集团的相关中药资产极有可能注入上市公司。预计公司2011-2012年的EPS为1.11元和1.42元，现价对应的PE分别为24倍和19倍，考虑到公司强烈的资产整合预期和外延式并购的能力，给予“谨慎推荐”评级，